ГКДЦ (вирусологический) обслуживает практически все учреждения взрослой и детской сети Комитета по здравоохранению, число которых к 2013 году превысило 200: стационары (взрослые, детские, инфекционные, соматические), детские поликлиники и кабинеты инфекционных заболеваний взрослых поликлиник, женские консультации, родильные дома, диспансеры (наркологические, туберкулезные, психоневрологические, кожно-венерологические, онкологические и др.), а также амбулаторных пациентов (Санкт-Петербург, Ленинградская область, другие регионы России).
Перечень заболеваний, по которым осуществляется специфическая лабораторная диагностика: